L'Agence nationale de la cohésion des territoires est placée sous la tutelle des ministres chargés de l'aménagement du territoire, des collectivités territoriales et de la politique de la ville.

L'agence peut, à leur demande, apporter son concours aux collectivités d'outre-mer régies par l'article 74 de la Constitution et à la Nouvelle-Calédonie, dans des conditions définies par voie de convention.

L'agence apporte son concours au préfet de région et au préfet de département dans la mise en œuvre des actions mentionnées au V de l'article 36 et au second alinéa de l'article 41 du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action des services de l'Etat dans les régions et départements, en matière d'impact territorial des projets de transformation des services publics.

Au titre de sa mission de veille et d'alerte, l'agence met en œuvre :

1° Des travaux d'observation de la politique de la ville et de la politique d'aménagement du territoire ;

2° Des travaux de réflexions prospectives et stratégiques en direction des territoires, notamment en matière de transition numérique, écologique, démographique, de mutations économiques et de coopération transfrontalière.

Elle contribue à la mise en place de dispositifs d'innovation et d'expérimentation de politiques publiques.