L'Agence nationale de la cohésion des territoires est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget.

A compter du 1er janvier 2021, l'agence tient une comptabilité analytique dans les conditions prévues à l'article 209 de ce décret.

L'agence dispose des ressources prévues à l'article L. 1233-1.

A ce titre, elle est soumise, pour ses emprunts, aux règles fixées par le I de l'article 12 de la loi n° 2010-1645 du 28 décembre 2010 de programmation des finances publiques pour les années 2011 à 2014. Elle perçoit également les dividendes et résultats de ses filiales et des sociétés au capital desquelles elle a pris des participations.

Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées dans les conditions prévues par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.