Le comité peut être saisi par l'acheteur ou par le titulaire du marché.
La saisine est faite par une note détaillée exposant les motifs du différend et, le cas échéant, la nature et le montant des réclamations formulées. Cette note est accompagnée des pièces contractuelles du marché et de toutes correspondances relatives au différend. Elle est adressée au comité par lettre recommandée avec demande d'avis de réception postal ou déposée contre récépissé au secrétariat du comité. Les communications et les échanges d'information avec le comité peuvent être réalisés par voie électronique.

La saisine d'un comité consultatif de règlement amiable des différends interrompt les délais de recours contentieux pour les marchés qui sont des contrats administratifs jusqu'à la notification de la décision prise par l'acheteur sur l'avis du comité.

Lorsqu'il apparaît manifeste qu'une demande ne relève de la compétence d'aucun comité ou qu'elle est irrecevable sans qu'une régularisation soit possible, le président peut la rejeter par décision motivée. Il peut également donner acte des désistements ou constater qu'il n'y a pas lieu pour le comité de rendre un avis.