Le Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres est administré par un conseil d'administration composé en nombre égal de représentants de l'Etat, de personnalités qualifiées et d'un représentant du personnel, d'une part, de trois députés et trois sénateurs et de leurs suppléants ainsi que de membres des assemblées délibérantes des collectivités locales concernées par l'activité du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres, d'autre part.

Le président du conseil d'administration est élu par le conseil en son sein.