L'établissement public est composé d'une direction nationale et de directions régionales.

Le directeur régional est placé sous l'autorité du directeur général. Pour les activités conduites dans le cadre du service public de l'emploi, il rend également compte au préfet de région et au comité régional de l'emploi, de la formation et de l'orientation professionnelles mentionné à l'article L. 6123-3.