Les opérations de recettes et de dépenses de chaque centre régional sont confiées à un agent comptable.
Les dispositions des articles R. 822-8, R. 822-9, R. 822-10, R. 822-11 et R. 822-12 s'appliquent aux centres régionaux, sauf pour l'approbation des souscriptions d'emprunts par les centres régionaux des œuvres universitaires et scolaires, prononcée par décision conjointe du recteur d'académie et du directeur régional des finances publiques.

Les conditions dans lesquelles des régies de recettes et des régies d'avances sont instituées dans les centres régionaux sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé du budget.

Une comptabilité analytique fait apparaître les résultats d'exploitation pour chacun des domaines d'activités spécialisées.