Lorsque l'emprise d'un port s'étend sur plusieurs départements, un arrêté du ministre de l'intérieur, pris après avis du ministre chargé des transports, désigne le préfet de département qui exerce les prérogatives dévolues par le présent chapitre au représentant de l'Etat dans le département. Cet arrêté prévoit les modalités d'information des préfets des autres départements sur lesquels s'étend le port.

Le préfet maritime ou le délégué du Gouvernement pour l'action de l'Etat en mer définit des mesures de sûreté particulières pour la partie maritime de la zone maritime et fluviale de régulation des ports figurant sur la liste prévue à l'article R. 5332-18. Ces mesures déterminent pour chacun des niveaux de sûreté à respecter, les procédures à suivre, les mesures à mettre en place et les actions à mener en matière de sûreté.