L'autorisation d'outillage privé avec obligation de service public donne lieu à une convention passée entre le port autonome et le pétitionnaire.
Dans le cas où l'autorisation comprend la réalisation de travaux, le directeur du port autonome soumet le projet de travaux à l'instruction dans les conditions prévues par l'article R. 5313-66.

L'autorisation d'exploitation de terminal donne lieu à une convention passée entre le port autonome et le pétitionnaire.
Cette convention fixe notamment les objectifs de trafic du terminal et les sanctions, pouvant aller jusqu'à la résiliation sans indemnité de la convention, au cas où ces objectifs ne seraient pas atteints.
Elle est soumise au conseil d'administration.
Lorsque la convention est conforme à une convention type approuvée par décret en Conseil d'Etat, elle est approuvée par décision du commissaire du Gouvernement et de l'autorité chargée du contrôle économique et financier. Cette approbation est réputée acquise à défaut d'opposition de l'un d'entre eux dans un délai de deux mois à compter de la date à laquelle ils l'ont reçue.
Lorsque les conditions particulières d'exploitation d'un terminal le justifient, la convention peut déroger à la convention type, sauf en ce qui concerne les principes énoncés à l'article R. 5313-81 et les stipulations relatives à la fixation d'objectifs. Dans ce cas, la convention est approuvée par arrêté des ministres chargés des ports maritimes, de l'économie et du budget.