Le représentant de l'Etat dans la zone de défense et de sécurité prévu à l'article L. 1311-1 du code de la défense est le préfet du département où se trouve le chef-lieu de celle-ci. Il porte le titre de préfet de zone de défense et de sécurité.

Sous l'autorité du Premier ministre et sous réserve des compétences du ministre de la défense et de l'autorité judiciaire, le préfet de zone de défense et de sécurité est le délégué des ministres dans l'exercice de leurs attributions en matière de défense et de sécurité nationale.

A cet effet, il dirige l'action des services des administrations civiles de l'Etat et des unités de la gendarmerie nationale dans le cadre de la zone de défense et de sécurité et exerce les attributions fixées par la présente section.

Le comité des préfets de zone de défense et de sécurité est présidé par le ministre de l'intérieur. Il comprend les préfets de zone de défense et de sécurité, les hauts fonctionnaires de défense et de sécurité et le secrétaire général de la défense et de la sécurité nationale. Il a pour mission d'assurer les conditions de préparation de la chaîne territoriale de l'Etat à la gestion des crises majeures relevant de la sécurité nationale. Les modalités de son fonctionnement sont arrêtées par le ministre de l'intérieur.