La Société nationale des chemins de fer français est soumise en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales.
Elle tient sa comptabilité conformément au plan comptable général.
Elle développe une comptabilité permettant notamment d'apprécier les coûts économiques réels relatifs aux missions qui lui sont confiées respectivement par l'Etat et par les collectivités territoriales.

L'activité de transport de personnes de la Société nationale des chemins de fer français en Ile-de-France est identifiée dans les comptes d'exploitation, dans les conditions prévues par les conventions conclues avec le Syndicat des transports d'Ile-de-France.

L'activité de transport de personnes de la Société nationale des chemins de fer français, hors région d'Ile-de-France, est identifiée dans les comptes d'exploitation pour chaque convention conclue avec une autorité organisatrice de transport.

Dans les conditions fixées par chaque convention d'exploitation, la Société nationale des chemins de fer français transmet chaque année, avant le 30 juin, à l'autorité organisatrice de transport les comptes d'exploitation retraçant la totalité des opérations afférentes à l'exécution de la convention correspondante sur l'année civile précédente, les comptes détaillés ligne par ligne, une analyse de la qualité du service et une annexe permettant à l'autorité organisatrice d'apprécier les conditions d'exploitation du transport régional de voyageurs.

La gestion des filiales créées par la Société nationale des chemins de fer français est autonome au plan financier dans le cadre des objectifs du groupe.
Ces filiales ne peuvent recevoir les concours financiers de l'Etat prévus par l'article L. 2141-19.