La gestion de l'infrastructure ferroviaire est comptablement séparée de l'exploitation des services de transport des entreprises ferroviaires. Aucune aide publique versée à une de ces activités ne peut être affectée à l'autre. Lorsqu'une entreprise exerce des activités d'exploitation de services de transport ferroviaire et de gestion de l'infrastructure ferroviaire, elle est tenue, lors du dépôt des comptes annuels au registre du commerce et des sociétés, de déposer également les comptes de profits et pertes séparés et des bilans séparés, en distinguant dans chacun de ces documents les éléments relatifs, d'une part, aux activités d'exploitation de services de transport des entreprises ferroviaires et, d'autre part, à la gestion de l'infrastructure ferroviaire.

Le gestionnaire d'infrastructure publie chaque année un document de référence du réseau qui décrit les caractéristiques de l'infrastructure mise à disposition des entreprises ferroviaires, les tarifs des prestations offertes, les règles de répartition des capacités, ainsi que les informations nécessaires à l'exercice des droits d'accès au réseau.
Le gestionnaire d'infrastructure d'un réseau sur lequel une seule entreprise circule et n'effectue que des services de marchandises est dispensé d'établir le document de référence du réseau tant qu'il n'existe pas d'autre demandeur de capacité dudit réseau que cette entreprise.

Tout demandeur de sillons peut conclure avec le gestionnaire d'infrastructure un accord-cadre précisant les caractéristiques des capacités d'infrastructure ferroviaire qui lui sont offertes pour une durée déterminée tenant compte, le cas échéant, de l'existence de contrats commerciaux, d'investissements particuliers ou de risques.

Les entreprises ferroviaires qui exploitent des services avant le 1er janvier 2010 peuvent conclure avec le gestionnaire d'infrastructure des accords-cadres pour une durée de cinq ans, renouvelables une fois, sur la base des caractéristiques des capacités utilisées à condition que ces entreprises justifient d'investissements spéciaux ou de contrats commerciaux avant cette date.

Les modalités d'application des articles L. 2122-4 à L. 2122-7 sont fixées par voie réglementaire.