Pour les organismes définis à l'article L. 133-1, la Cour des comptes fait porter ses contrôles sur les opérations de chaque exercice. Elle peut, à cet effet, grouper plusieurs exercices.

La décision de la Cour, prise après avis du procureur général, de contrôler un organisme en application de l'article L. 133-2, est portée à la connaissance du ministre chargé des finances et des ministres dont relève l'activité de cet organisme. Cette décision est notifiée par la Cour aux dirigeants de ce dernier.

Les organismes visés au premier alinéa de l'article R. 133-1 envoient à la Cour leurs comptes annuels dans le mois qui suit l'adoption de ces documents par le conseil d'administration ou par l'organe en tenant lieu.

La Cour fixe les modalités d'envoi des comptes annuels pour les organismes visés au second alinéa de l'article R. 133-1.

Ces documents doivent être accompagnés du rapport de gestion et des procès-verbaux des assemblées générales, ainsi que d'un relevé détaillé de la situation des filiales à la date de clôture de l'exercice.

La Cour reçoit en outre les rapports des commissaires aux comptes.

Les membres du corps du contrôle général économique et financier, les membres des missions de contrôle ou les commissaires du Gouvernement adressent à la Cour copie de leurs rapports relatifs aux états financiers de ces organismes et comportant leurs observations sur ces documents.

Les constatations relevées par la Cour lors de ses contrôles sont portées, dans le respect des dispositions de l'article L. 141-7, à la connaissance des dirigeants de l'organisme et des ministres de tutelle, ainsi que, le cas échéant, du chef de la mission de contrôle ou du contrôleur budgétaire afin qu'ils puissent faire connaître leurs observations écrites, dans le délai d'un mois qui suit cette communication. La Cour peut procéder à des auditions, soit de sa propre initiative, soit à la demande des ministres de tutelle ou des dirigeants de l'organisme. Les représentants des autorités de tutelle sont entendus par la Cour lorsque l'action de ces autorités est mise en cause par les dirigeants de l'organisme dans leurs réponses écrites ou lors de leur audition. A l'expiration du délai d'un mois précité et après avoir procédé éventuellement aux auditions, la Cour statue définitivement.

Les conclusions arrêtées par la Cour sont consignées dans le rapport particulier prévu par l'article L. 143-3, sous réserve des dispositions législatives et réglementaires applicables en matière de secret.

Les organismes dont la gestion n'est pas assujettie aux règles de la comptabilité publique et qui bénéficient de taxes parafiscales, de cotisations légalement obligatoires, de subventions ou d'autres concours financiers de la part de l'Etat ou d'une autre personne morale soumise au contrôle de la Cour peuvent faire l'objet d'un contrôle de la Cour des comptes, sous réserve des compétences attribuées aux chambres régionales des comptes par les articles L. 211-4 à L. 211-6 et à la chambre territoriale des comptes de la Nouvelle-Calédonie pour les articles L. 262-7 à L. 262-9.

Lorsque les organismes mentionnés à l'alinéa précédent attribuent des subventions ou participent au capital d'autres organismes dont la gestion n'est pas soumise aux règles de la comptabilité publique, ces derniers peuvent aussi faire l'objet d'un contrôle de la Cour.

Le contrôle est décidé, après avis du procureur général, par le premier président, sur proposition du président de la chambre ou, le cas échéant, du président de la section compétente. Cette décision, qui précise les exercices sur lesquels porteront les contrôles et désigne les rapporteurs chargés de l'enquête, est notifiée aux dirigeants de l'organisme concerné ; elle est portée à la connaissance du ministre chargé des finances lorsque le concours financier ne revêt pas la forme d'une taxe parafiscale, d'une cotisation légalement obligatoire ou d'une subvention.

Le contrôle porte sur l'ensemble des comptes et de la gestion de l'organisme vérifié. Toutefois, lorsque le concours financier attribué sous forme d'une taxe parafiscale, d'une cotisation légalement obligatoire ou d'une subvention est affecté à une dépense déterminée et qu'il ne dépasse pas 50 % des ressources totales de l'organisme bénéficiaire, le contrôle se limite au compte d'emploi du concours financier que l'organisme doit établir. Si ce compte d'emploi n'est pas produit, le contrôle porte sur l'ensemble des comptes et de la gestion.