Le conseil d'administration comprend trente-deux membres :
1° Seize membres désignés ou élus dans les conditions mentionnées à l'article R. 4322-8 ;
2° Seize membres nommés par décret sur le rapport du ministre chargé des transports.

Les seize membres mentionnés au 1° de l'article R. 4322-7 sont :

1° Un membre désigné par le conseil régional d'Ile-de-France ;

2° Deux membres désignés par le conseil de Paris, un au titre de la commune et un au titre du département ;

3° Sept membres désignés respectivement par chacun des conseils généraux des départements de la Seine-Saint-Denis, des Hauts-de-Seine, du Val-de-Marne, des Yvelines, de l'Essonne, du Val-d'Oise et de Seine-et-Marne ;

4° Un membre désigné par le conseil municipal de la commune siège de la plus importante zone portuaire de l'établissement ;

5° Un membre désigné par la chambre régionale de commerce et d'industrie Paris-Ile-de-France ;

6° Quatre représentants des salariés, dont un représentant des cadres, élus conformément aux dispositions du chapitre II du titre II de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 modifiée relative à la démocratisation du secteur public.

Les seize membres mentionnés au 2° de l'article R. 4322-7 sont :
1° Un membre du Conseil d'Etat nommé sur proposition de son vice-président ;
2° Un membre nommé sur proposition du ministre chargé de l'économie, des finances et du budget ;
3° Un membre nommé sur proposition du ministre chargé des transports ;
4° Un membre nommé sur proposition du ministre chargé de l'industrie ;
5° Un membre nommé sur proposition du ministre chargé de l'urbanisme et du logement ;
6° Un membre nommé sur proposition du ministre de l'intérieur ;
7° Dix personnalités choisies parmi les principaux usagers du port ou désignées en raison de leur compétence dans les domaines relatifs aux ports, à la navigation, aux transports, à l'économie régionale et à l'économie générale, dont deux proposées par la chambre régionale de commerce et d'industrie Paris-Ile-de-France.

Le préfet de la région Ile-de-France est consulté par le ministre chargé des transports avant la désignation des personnalités nommées par décret qui exercent leur activité principale dans le cadre local, départemental ou régional.
En cas de silence gardé pendant quinze jours, l'avis est réputé donné.

Les usagers qui peuvent être nommés au conseil d'administration du port en application du 7° de l'article R. 4322-9 doivent appartenir à l'une des catégories suivantes :
1° Principales entreprises industrielles, commerciales et agricoles des régions desservies par le port ;
2° Entreprises de navigation ;
3° Entreprises de transports terrestres ;
4° Entreprises de manutention, d'entrepôt, de transit.

Les membres du conseil d'administration, autres que ceux désignés par le conseil régional, le conseil de Paris et les conseils généraux, sont nommés, désignés ou élus pour cinq ans.
Les mandats des membres désignés par le conseil régional, le conseil de Paris et les conseils généraux prennent fin lors du renouvellement de l'assemblée qui les a désignés.

Les mandats des membres du conseil d'administration peuvent être renouvelés. Lorsque les circonstances l'exigent, ces mandats peuvent, en outre, être prorogés pour une durée n'excédant pas six mois par arrêté du ministre chargé des transports.

Cessent de plein droit de faire partie du conseil les membres, autres que les représentants des salariés, qui ont perdu la qualité en vertu de laquelle ils étaient désignés ou nommés. Il est alors pourvu à leur remplacement jusqu'à l'expiration normale de leur mandat.

A l'exception des représentants des salariés, qui doivent remplir les conditions prévues par l'article 15 de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public, les membres du conseil d'administration doivent être de nationalité française ou ressortissant d'un des Etats membres de l'Union européenne et jouir de leurs droits civiques et politiques.

Les dispositions des articles R. 102-4 et R. 102-5 du code des ports maritimes relatives aux obligations déclaratives des membres du conseil de surveillance des grands ports maritimes s'appliquent aux membres du conseil d'administration de Port autonome de Paris.

Les vacances de membres du conseil pour décès, démission, expiration du mandat ou pour toute autre cause sont immédiatement portées, par le président du conseil d'administration, à la connaissance du ministre chargé des transports en vue d'assurer leur remplacement pendant le temps restant à courir de leur mandat. Les règles à suivre pour le remplacement des membres des diverses catégories sont celles applicables pour leur nomination. Le ministre chargé des transports notifie au président du conseil d'administration les noms des nouveaux membres.

Par dérogation aux dispositions de l'alinéa précédent, le remplacement des administrateurs représentant les salariés est assuré dans les conditions prévues à l'article 24 de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public.