L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Par dérogation aux dispositions du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique mentionné ci-dessus, les disponibilités excédant les besoins de trésorerie peuvent également être déposées, suivant les modalités fixées par la convention prévue à l'article L. 225-1-3 du code de la sécurité sociale, auprès de l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale. Elles sont alors productives d'intérêts.

Il peut être institué dans l'établissement des régies de recettes et des régies d'avances dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

La Caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés verse à l'établissement, pour le compte des autres régimes d'assurance maladie, la contribution mentionnée au 5° de l'article L. 3135-4. Les modalités de versement sont définies par convention. Le remboursement par les autres régimes de leur quote-part de la contribution intervient au plus tard le 30 juin de chaque année.

A défaut de conclusion de la convention mentionnée au premier alinéa, les modalités de versement de la contribution sont fixées par arrêté des ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et du budget. Jusqu'à la publication de cet arrêté, la Caisse nationale d'assurance maladie des travailleurs salariés verse à l'établissement des acomptes mensuels égaux au douzième du montant fixé par la loi de financement de la sécurité sociale.