Le conseil d'administration se réunit aussi souvent que la bonne marche de l'établissement l'exige et au minimum deux fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour.

La convocation est de droit si elle est demandée par le ministre de tutelle ou par la moitié au moins des membres sur un ordre du jour déterminé.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.

Les délibérations sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président de séance est prépondérante.

Le commissaire du Gouvernement, le directeur, le contrôleur budgétaire, l'agent comptable et le président du conseil scientifique de l'agence assistent aux séances avec voix consultative.

Le conseil d'administration peut entendre toute personne dont il estime l'audition utile à son information.

Il est établi un procès-verbal de chaque séance du conseil d'administration, signé par le président de séance et par le secrétaire. Le procès-verbal est adressé sans délai au ministre de tutelle.

Le conseil d'administration élit en son sein le président du conseil d'administration et deux vice-présidents.

Le conseil d'administration constitue en son sein un bureau comprenant le président du conseil d'administration, un représentant du ministre de tutelle, un représentant du ministre chargé de la mer, un représentant du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines, un représentant du ministre chargé de l'outre-mer, un représentant de collectivités territoriales, un président de conseil de gestion de parc naturel marin, un représentant d'une autre catégorie d'aire marine protégée, le représentant du personnel de l'établissement et une personnalité nommée au titre du 18° du II de l'article R. 334-4.

La composition du bureau et les conditions de désignation de ses membres sont précisées par le règlement intérieur adopté par le conseil d'administration.

Le bureau exerce les attributions qui lui ont été déléguées.

Le directeur, l'agent comptable et le contrôleur budgétaire assistent aux réunions du bureau avec voix consultative.