L'Agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le directeur de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger nomme ordonnateurs secondaires les chefs des établissements en gestion directe et les chefs des établissements principaux des groupements de gestion définis à l'article D. 452-1.
Il prépare et présente le budget de l'établissement public qui comporte l'ensemble des recettes et des dépenses des services centraux, des établissements en gestion directe et des groupements de gestion.
Au sein de ce budget, un tableau spécifique regroupe, par section et par nature, l'ensemble des budgets établis par les ordonnateurs secondaires des établissements en gestion directe et des groupements de gestion.
Le budget de l'agence comprend un compte de résultat prévisionnel et un tableau de financement abrégé prévisionnel. Les recettes et les dépenses y sont classées par nature selon le plan comptable de l'agence défini par le directeur de l'agence, approuvé par le ministre chargé du budget.

Les dépenses de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger comprennent notamment les frais de travaux d'aménagement, d'entretien et de grosses réparations afférents aux immeubles qui lui sont remis en dotation.
Les redevances dues à raison des autorisations d'occupation temporaire des biens immobiliers remis en dotation à l'agence sont perçues par cette dernière.

Des agents comptables secondaires sont nommés dans les établissements en gestion directe ou dans les établissements principaux des groupements, avec l'agrément de l'agent comptable de l'agence, par décision du directeur de l'agence. Plusieurs établissements en gestion directe peuvent être dotés du même agent comptable secondaire.

A la fin de chaque exercice, l'agent comptable prépare le compte financier de l'agence pour l'exercice écoulé. Ce compte retrace en un document unique les recettes perçues et les dépenses effectuées par les services centraux de l'agence ainsi que par les établissements d'enseignement.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les services centraux de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger, dans les établissements en gestion directe et au sein des groupements de gestion, dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

L'Agence pour l'enseignement français à l'étranger exerce les droits et obligations de l'Etat pour les conventions en cours et contractées par lui, avant l'entrée en vigueur de la loi n° 90-588 du 6 juillet 1990 portant création de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger, pour remplir les missions mentionnées à l'article L. 452-2.