L'établissement public est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Les ressources du SHOM comprennent notamment :
1° Les subventions de l'Etat, de l'Union européenne, des collectivités publiques et tout organisme public ou privé, français, étranger ou international ;
2° Le produit de la vente des cartes, ouvrages et documents nautiques édités par le SHOM ;
3° Le produit des prestations et travaux divers exécutés à titre onéreux par l'établissement ;
4° Le produit financier des résultats du placement des fonds ;
5° Les produits d'emprunt ;
6° Les ressources provenant d'accords que l'établissement conclut avec des organismes publics ou privés, nationaux, étrangers ou internationaux ;
7° Le produit des cessions de biens meubles ;
8° Le remboursement des frais de scolarité et de stage ;
9° Le produit de l'exploitation directe ou indirecte des droits de propriété intellectuelle ;
10° Les dons et legs ;
11° Les revenus procurés par les participations financières et les produits de leur cession ;
12° Les rémunérations et les participations liées aux programmes de recherche ;
13° Les participations diverses.
L'établissement est autorisé à placer ses fonds disponibles dans les conditions fixées par le ministre chargé du budget.

Les dépenses du SHOM comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement ;
3° Les frais d'investissement et d'équipement.

Le SHOM peut prendre des participations financières et créer des filiales en vue notamment de valoriser les résultats de recherches et de participer à des initiatives nationales et internationales destinées en particulier à améliorer la coordination des actions dans le domaine de l'environnement marin.