L'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique est administré par un conseil d'administration, assisté d'un comité d'investissement et dirigé par un directeur.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret sur le rapport du ministre de la défense. La durée de son mandat est de trois ans renouvelable une fois.
Un suppléant du président du conseil d'administration est nommé par arrêté du ministre de la défense pour une durée de trois ans renouvelable une fois.

Le directeur est nommé par arrêté du ministre de la défense. La durée de son mandat est de trois ans renouvelable une fois.

I. ― Le conseil d'administration de l'établissement comprend, outre son président, treize membres :
1° Douze membres représentant l'Etat dont :

a) Neuf membres au titre du ministère de la défense ;

b) Un membre au titre du ministère chargé de l'économie ;

c) Un membre au titre du ministère chargé du budget ;

d) Un membre au titre du ministère chargé de l'aviation civile.

Ces membres sont nommés par arrêté du ministre concerné. La durée de leur mandat est de trois ans renouvelable une fois.
2° Un membre du Conseil supérieur de la fonction militaire, représentant les allocataires de ces fonds, désigné par arrêté du ministre de la défense, pour la durée de son mandat au sein du Conseil supérieur de la fonction militaire.
II. ― Des membres suppléants sont nommés ou désignés dans les mêmes conditions.
III. ― En cas de vacance survenant pour quelque cause que ce soit, plus de six mois avant l'expiration du mandat d'un membre ou d'un membre suppléant du conseil d'administration, il est procédé à son remplacement pour la durée restant à courir de ce mandat.

Le directeur de l'établissement, l'autorité chargé du contrôle budgétaire et l'agent comptable près l'établissement assistent aux réunions du conseil d'administration avec voix consultative.

Le mandat des membres du conseil d'administration est gratuit, sous réserve du remboursement des frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils et militaires de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit, sur convocation de son président, qui en fixe l'ordre du jour, aussi souvent que la bonne marche de l'établissement l'exige, et au minimum deux fois par an. La convocation est de droit lorsqu'elle est demandée par le ministre de la défense ou par le tiers au moins des membres à condition que la demande porte sur un ordre du jour déterminé.
Les convocations et l'ordre du jour sont, sauf urgence déclarée, adressés quinze jours ouvrés au moins avant la date de la réunion.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente ou réputée présente.
Sont réputés présents les membres participant à la réunion du conseil par des moyens de visioconférence ou de télécommunication permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale, sauf lorsque le conseil d'administration est réuni pour délibérer sur les matières mentionnées aux 1° et 5° de l'article R. 3417-12.
Si ce nombre n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Les délibérations du conseil sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le conseil d'administration adopte son règlement intérieur.

Le conseil d'administration délibère sur les affaires relatives à l'objet de l'établissement, et notamment sur :
1° Le budget de l'établissement et ses éventuelles modifications en cours d'exercice. Celui-ci comprend un budget de gestion technique pour chaque fonds et un budget administratif ;
2° Les orientations générales de la politique de placement des réserves du régime dans le respect de l'article R. 3417-22 ;
3° La convention mentionnée à l'article R. 3417-21 ;
4° Le compte financier ;
5° Le rapport annuel d'activité ;
6° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
7° Les transactions.
Il propose au ministre de la défense toute mesure tendant à maintenir l'équilibre financier de l'établissement.

Il est établi un procès-verbal de chaque séance du conseil d'administration, signé par le président de séance et un administrateur.
Le procès-verbal est adressé au ministre de la défense, au ministre chargé de l'économie, au ministre chargé du budget et au ministre chargé des transports, dans les quinze jours qui suivent la séance.

Les délibérations mentionnées à l'article R. 3417-12 sont exécutoires, à défaut d'approbation expresse, à l'expiration d'un délai de vingt jours à compter de la date de réception du procès-verbal par le ministre de la défense. Dans ce délai, le ministre de la défense peut refuser d'approuver ces délibérations ou décider de surseoir à leur application.

Les délibérations mentionnées aux 2°, 3° et 5° de l'article R. 3417-12 sont exécutoires, à défaut d'approbation expresse, à l'expiration d'un délai de vingt jours à compter de la date de réception du procès-verbal par le ministre chargé de l'économie. Celles portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Lorsque le ministre de la défense, le ministre chargé de l'économie ou le ministre chargé du budget demande par écrit des informations complémentaires, le délai de vingt jours est suspendu jusqu'à la date de leur réception par le ministre intéressé.

Lorsqu'au vu des éléments dont il dispose, le ministre de la défense ou le ministre chargé de l'économie estime que les réserves directement mobilisables du fonds de prévoyance militaire ou du fonds de prévoyance de l'aéronautique ne permettent pas de couvrir les prestations annuelles à verser, il en informe par écrit le président du conseil d'administration.
Afin que soit arrêté un programme de rétablissement visant à assurer cette couverture, le ministre intéressé demande au président du conseil d'administration de convoquer le conseil dans un délai de quinze jours à compter de la date de réception de la demande.
Si le programme de rétablissement n'est pas approuvé par le conseil d'administration, un programme est mis en œuvre par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé de l'économie.