L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les dépenses de l'Etablissement public d'insertion de la défense comprennent les frais de personnel, les frais de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toutes dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

Il peut être institué dans l'établissement des régies de recettes et des régies de dépenses dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics. Les régisseurs sont désignés par le directeur général avec l'agrément de l'agent comptable.

Un arrêté conjoint des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget détermine les conditions d'affectation à l'établissement des biens meubles et immeubles nécessaires à son fonctionnement. Une convention conclue entre l'Etat et l'établissement définit les modalités d'utilisation des biens ainsi affectés.