L'Agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des agents comptables secondaires peuvent être nommés dans les conditions prévues au premier alinéa de l'article 189 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique sur proposition du directeur général et sur avis conforme de l'agent comptable.