Sous réserve des dispositions de la présente section, l'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le directeur général prépare chaque année, pour la période de douze mois commençant le 1er janvier de l'année suivante, un budget retraçant les recettes et les dépenses nationales et communautaires.

Le budget est présenté en deux parties.

La première partie correspond aux moyens de l'établissement et comporte en dépenses trois enveloppes correspondant respectivement aux a, b, et c du 2° de l'article R. 621-40.

La seconde partie correspond aux actions d'intervention et comporte en dépenses celles mentionnées au d du 2° de l'article R. 621-40.

Chacune de ces deux parties comporte en recettes les prévisions de ressources correspondantes.

La seconde partie se décompose également en enveloppes, dont le financement peut être assuré par des crédits issus d'un programme budgétaire déterminé en application de l'article 7 de la loi organique relative aux lois de finances, comme par d'autres ressources.

Deux des enveloppes de la seconde partie sont obligatoirement consacrées, respectivement :

-aux dépenses d'intervention financées par les crédits ouverts dans le cadre de l'application du 6° de l'article L. 621-3 ;

-aux dépenses d'intervention financées par des crédits d'origine communautaire.

Les enveloppes se décomposent, en tant que de besoin, en sous-enveloppes dévolues aux différents dispositifs financés, dans des conditions déterminées en accord avec le ou les ministères de tutelle.

L'enveloppe correspondant au c du 2° de l'article R. 621-40 est présentée avec l'indication de la limite assignée aux engagements.

L'enveloppe correspondant aux dépenses mentionnées au d du 2° du même article et financées sur crédits non communautaires est également présentée avec l'indication de la limite assignée aux engagements.

Le budget de l'année présenté en enveloppes est soumis au vote du conseil d'administration avant le 25 novembre de l'année précédente.

L'éventuelle répartition des crédits non communautaires entre sous-enveloppes fait l'objet d'une présentation pour information devant le conseil d'administration. Les modifications qui peuvent y être apportées en cours d'année donnent lieu à information du conseil d'administration au cours de la première réunion qui suit leur mise en œuvre.

Les missions de service public de l'Etat dont celui-ci confie la gestion à l'établissement peuvent faire l'objet d'un budget annexe.

Dans le cas où le budget n'est pas approuvé à l'ouverture de l'exercice, le directeur général met en œuvre les mesures financières prévues par les décisions mentionnées à l'article D. 621-27 dans la limite des reports mentionnés à l'article R. 621-48 et, après approbation du ministre chargé de l'agriculture, par les dispositions prévues dans le cadre du 6° de l'article L. 621-3.

Les dépenses de personnel, de fonctionnement et d'investissement sont effectuées par le directeur général après accord du contrôleur budgétaire, sur la base du dernier budget adopté pour l'exercice précédent, déduction faite, le cas échéant, des crédits qui avaient été affectés à des dépenses non renouvelables.

En cas d'urgence, le ministre chargé du budget et le ministre chargé de l'agriculture peuvent autoriser des modifications au budget sans que celles-ci soient soumises au vote du conseil d'administration.

Les modifications ainsi apportées sont présentées ultérieurement au conseil d'administration pour information.

Les limites assignées aux engagements inscrites au budget primitif peuvent être abondées du montant des engagements autorisés l'année précédente et non contractés au dernier jour de l'exercice. Cet abondement intervient par décision du directeur général après visa du contrôleur budgétaire et avec l'autorisation expresse du ministre chargé de l'agriculture. Il fait l'objet d'une inscription à le budget de l'établissement dès la première décision modificative.

Un état des reports et des engagements n'ayant pas donné lieu à ordonnancement avant la fin de l'exercice est établi par le directeur général, qui le communique aux ministres de tutelle dans le mois suivant la fin de l'exercice après visa du contrôleur budgétaire.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable principal.

L'établissement applique le plan comptable approuvé par le ministre chargé du budget après avis du ministre chargé de l'agriculture et de l'autorité chargée des normes comptables des personnes publiques.

Une comptabilité distincte est établie pour les opérations communautaires.

Le compte financier est préparé par l'agent comptable suivant les dispositions du plan comptable et conformément aux directives de l'ordonnateur. Il retrace l'ensemble des opérations, tant nationales que communautaires, enregistrées dans la comptabilité.

La comptabilité analytique est tenue par l'agent comptable ou sous son contrôle, selon un plan établi par le directeur général et approuvé par les ministres chargés de l'agriculture et du budget.

Un état retraçant les résultats de la comptabilité analytique est joint au compte financier adressé à ces ministres.

L'établissement peut recourir à l'emprunt, avec l'autorisation des ministres chargés de l'économie, du budget et de l'agriculture.

En fin d'exercice, les montants recouvrés par l'établissement en application du règlement (CE) n° 1290 / 2005 relatif au financement de la politique agricole commune et qui ont fait l'objet d'une décision de refus d'apurement de la Commission européenne sont reversés au budget national. Les autres montants qui sont conservés par l'Etat membre en vertu de la réglementation communautaire, y compris les prélèvements forfaitaires au titre des frais de recouvrement des irrégularités et les pénalités en matière de conditionnalité, sont, sauf disposition nationale contraire, conservés par l'établissement en fin d'exercice.

Les ministres chargés du budget et de l'agriculture fixent par arrêté les conditions dans lesquelles l'agent comptable peut exercer par sondages le contrôle des dépenses d'interventions économiques.