Les ressources de l'institut comprennent notamment des subventions de l'Etat et des ressources provenant des accords qu'il conclut avec des organismes publics ou privés, nationaux, étrangers ou internationaux.

L'institut est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique sous réserve des dispositions du décret n° 2002-252 du 22 février 2002relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président de l'institut après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.