Les fonctions de comptable sont confiées soit à un comptable direct du Trésor, soit à un agent comptable. Le comptable est nommé par le préfet sur proposition du conseil d'administration, après avis du trésorier-payeur général. Il ne peut être remplacé ou révoqué que dans les mêmes formes.

L'agent comptable peut, sous sa responsabilité, déléguer sa signature à un ou plusieurs agents qu'il constitue ses fondés de pouvoir.

L'agent comptable assure le fonctionnement des services de la comptabilité.

Il est soumis, sous sa responsabilité personnelle et pécuniaire, à l'ensemble des obligations qui incombent aux comptables publics en vertu du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. L'agent comptable est placé sous l'autorité du directeur, sauf pour les actes qu'il accomplit sous sa responsabilité propre en tant que comptable public.

L'agent comptable tient la comptabilité générale ainsi que, le cas échéant et sous l'autorité du directeur, la comptabilité analytique.

L'agent comptable de la régie est soumis au contrôle de l'inspection générale des finances et du trésorier-payeur général ou du receveur des finances.

Le préfet reçoit communication des rapports de contrôle des membres de l'inspection générale des finances, du trésorier-payeur général ou du receveur des finances. Il peut faire contrôler les opérations et les écritures de la régie par un délégué qu'il désigne à cet effet.

Le directeur peut, ainsi que le président du conseil d'administration, prendre connaissance à tout moment dans les bureaux du comptable des pièces justificatives des recettes et des dépenses et des registres de comptabilité. Il peut recevoir copie des pièces de comptabilité.