Les ressources de l'institut comprennent notamment des subventions de l'Etat et des ressources provenant des accords qu'il conclut avec des organismes publics ou privés, nationaux, étrangers ou internationaux.

L'agent comptable de l'institut est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président de l'institut après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

L'institut est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.