L'institut est administré par un conseil d'administration, présidé par le président de l'institut.

Le président de l'institut assure la direction générale de l'établissement.

Il est assisté d'un ou plusieurs directeurs généraux délégués et d'un conseil scientifique et technique.

Le président de l'institut, choisi parmi les personnalités du monde scientifique et technique, est nommé par décret pris sur proposition conjointe du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture, pour une durée de quatre ans renouvelable une fois.

Outre le président de l'institut, le conseil d'administration comprend vingt membres, ainsi répartis :

1° Cinq représentants de l'Etat :

- un représentant du ministre chargé de la recherche ;

- un représentant du ministre chargé de l'agriculture ;

- un représentant du ministre chargé du budget ;

- un représentant du ministre chargé de l'industrie ;

- un représentant du ministre chargé de l'environnement.

Un suppléant est désigné dans les mêmes conditions pour chacun de ces membres ;

2° Le président du conseil scientifique et technique ;

3° Trois représentants d'organismes publics ayant une mission de recherche et d'enseignement supérieur ;

4° Sept personnalités qualifiées, choisies :

- pour trois d'entre elles en raison de leur compétence scientifique et technique ;

- pour trois d'entre elles en raison de leur compétence dans le domaine économique et social, dont deux représentant le monde du travail et de l'économie ;

- pour une d'entre elles parmi les membres de conseils élus des collectivités territoriales.

Les administrateurs mentionnés aux 3° et 4° sont nommés pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois, par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture.

Les onze administrateurs mentionnés aux 2°, 3° et 4° siègent personnellement. Néanmoins, en cas d'absence ou d'empêchement, un de ces administrateurs peut donner pouvoir écrit de le représenter à l'un des dix autres administrateurs. Un administrateur ne peut détenir plus de deux pouvoirs ;

5° Quatre représentants des personnels de l'institut ou leurs suppléants élus pour une durée de quatre ans, renouvelable une fois.

Les modalités d'élection et de remplacement des représentants élus sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture.

Les membres du conseil d'administration décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leur prédécesseur.

Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation en vigueur.

Le ou les directeurs généraux délégués, l'autorité chargée du contrôle économique et financier et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.

Le président peut également appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation du président de l'institut qui en fixe l'ordre du jour.

Il doit être réuni dans les mêmes conditions à la demande de la majorité de ses membres ou de l'un des ministres représentés au conseil d'administration.

Le conseil ne délibère valablement que si, pour leur moitié au moins, les membres sont présents ou représentés par un membre ayant reçu mandat ou participent à la séance par des moyens de visioconférence ou de communication électronique permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale et satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximum de trois semaines ; il délibère alors sans condition de quorum.

Les délibérations du conseil d'administration sont prises à la majorité des membres participant à la délibération dans les conditions prévues au troisième alinéa.

Le conseil d'administration délibère notamment sur :

1° Les orientations, les programmes généraux d'activité et l'exploitation des résultats de la recherche ;

2° Les mesures générales relatives à l'organisation et au fonctionnement de l'institut et le règlement intérieur du conseil d'administration ;

3° Le budget et, dans les cas prévus au quatrième alinéa de l'article R. 832-7, ses modifications ;

4° Le plan stratégique et le projet de contrat pluriannuel prévu à l'article L. 311-2 du code de la recherche ;

5° La création, la modification ou la suppression des départements prévus à l'article R. 832-13, la création, la modification ou la suppression des centres prévus à l'article R. 832-14, la création, la composition et le fonctionnement des commissions spécialisées prévues à l'article R. 832-16 ;

6° Le rapport annuel d'activité ;

7° Le compte financier ;

8° Les emprunts ;

9° Les acquisitions, aliénations, échanges, locations, baux, constructions et grosses réparations d'immeubles ;

10° Les contrats et marchés ;

11° Les redevances et rémunérations de toute nature perçues par l'institut ;

12° Les dons et legs ;

13° La création de filiales, les prises, cessions ou extensions de participations financières ;

14° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;

15° Les orientations générales en matière d'action sociale et de formation ;

16° Les actions en justice, les transactions ainsi que le recours à l'arbitrage dans les conditions prévues par l'article L. 321-4 du code de la recherche.

Le conseil d'administration se prononce, en outre, sur les questions qui lui sont soumises par le président de l'institut ou l'un des ministres représentés au conseil d'administration.

En ce qui concerne les matières énumérées aux 9°, 10°, 11°, 14° et 16° ci-dessus, le conseil peut déléguer une partie de ses pouvoirs, dans les conditions et limites qu'il détermine, au président. Celui-ci lui rend compte lors de sa plus prochaine séance des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après la réception du procès-verbal par le ministre chargé de la recherche et par le ministre chargé de l'agriculture à moins que ceux-ci n'y fassent opposition. En cas d'urgence, le ministre chargé de la recherche et le ministre chargé de l'agriculture peuvent conjointement autoriser l'exécution immédiate.

Toutefois, les délibérations portant sur le budget et ses modifications et le compte financier, les emprunts, les acquisitions, échanges ou aliénations d'immeubles ainsi que la participation aux organismes dotés de la personnalité morale autres que les groupements d'intérêt public sont exécutoires sauf opposition du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de l'agriculture ou du ministre chargé du budget dans un délai d'un mois à compter de leur réception par chacun de ces ministres. Les délibérations portant sur la participation à des groupements d'intérêt public sont exécutoires conformément aux dispositions du décret n° 83-204 du 15 mars 1983 relatif aux groupements d'intérêt public définis dans l'article 21 de la loi d'orientation et de programmation pour la recherche et le développement technologique de la France.

Les délibérations portant sur les matières énumérées au 13° de l'article R. 832-6 sont exécutoires sauf opposition du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de l'agriculture, du ministre chargé de l'économie ou du ministre chargé du budget dans un délai d'un mois à compter de leur réception par chacun de ces ministres.

Sont seules soumises au conseil d'administration ainsi qu'à l'approbation des autorités de tutelle et du ministre chargé du budget les modifications du budget qui comportent soit une augmentation du montant global des dépenses inscrites au budget de l'établissement, soit une augmentation des dépenses ou agrégats de dépenses dont le caractère limitatif est prévu par l'article 9 du décret n° 2002-252 du 22 février 2002 relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique.

Le président de l'institut définit la politique générale de l'établissement dans le cadre des orientations arrêtées par le conseil d'administration et assure la direction scientifique, technique, administrative et financière de l'institut.

Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution.

Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.

Il gère le personnel et nomme aux emplois de l'institut, conformément aux dispositions réglementaires en vigueur.

Il représente l'institut en justice et dans tous les actes de la vie civile.

Il peut déléguer sa signature.

Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs aux directeurs généraux délégués et à des agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative dans l'établissement ou dans une unité ou un groupement commun avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.

Les directeurs généraux délégués sont nommés par le président. L'un d'eux au moins est choisi en raison de ses compétences scientifiques.