Les organismes certificateurs doivent offrir des garanties d'impartialité et d'indépendance, justifier de leur compétence et de l'efficacité de leur contrôle. Ils sont agréés par l'autorité administrative, après avis de la Commission nationale de la certification environnementale, pour une durée de quatre ans. Il est fait mention de l'agrément au Journal officiel de la République française.

L'agrément peut être renouvelé, à la demande de l'organisme certificateur, par période de quatre ans.

Lorsque l'agrément est demandé par un organisme certificateur établi sur le territoire d'un autre Etat membre de l'Union européenne ou de l'Espace économique européen, celui-ci est exempté de la production des pièces qu'il a déjà fournies dans cet Etat pour l'exercice de la même activité.

Chaque organisme certificateur agréé adresse chaque année au ministre chargé de l'agriculture un rapport d'activité incluant notamment un bilan de son fonctionnement, la liste des exploitations agricoles certifiées au titre du présent chapitre, en indiquant s'il s'agit d'une certification individuelle ou gérée dans un cadre collectif, les principales caractéristiques de ces exploitations et un état récapitulatif des actions correctives demandées aux bénéficiaires de la certification et des sanctions prononcées à leur encontre. Ce rapport est transmis à la Commission nationale de la certification environnementale.

L'organisme certificateur agréé tient à la disposition du public la description de ses conditions générales de certification et de contrôle et le rapport mentionné à l'article D. 617-20. Sous réserve des échanges d'informations entre organismes certificateurs agréés, nécessaires à l'exécution par ceux-ci de leurs missions de contrôle ou d'information de l'autorité administrative, l'organisme ne peut rendre publiques les informations confidentielles dont il pourrait avoir connaissance à l'occasion de ses activités.