La commission ne peut valablement se réunir que si au moins quatre de ses sept membres sont présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

En l'absence du préfet et du responsable départemental de la direction générale des finances publiques chargé de la gestion publique, la commission est présidée par le délégué du préfet. En l'absence de ce dernier, elle est présidée par le délégué du responsable départemental de la direction générale des finances publiques chargé de la gestion publique.

Les autres règles applicables au fonctionnement de la commission sont fixées par son règlement intérieur.

Le règlement intérieur est affiché dans les locaux du secrétariat de la commission et est accessible sur le site internet de la Banque de France.