L'autorité compétente pour délivrer l'autorisation désigne au sein de ses services un ou plusieurs instructeurs. En cas d'autorisation conjointe, chaque autorité compétente désigne à parité un ou plusieurs instructeurs. Lorsque l'appel à projet concerne des établissements ou services mentionnés au 4° du I de l'article L. 312-1, les instructeurs des services de l'Etat sont désignés parmi les personnels des services déconcentrés de la protection judiciaire de la jeunesse.

Les instructeurs s'assurent de la régularité administrative des candidatures, le cas échéant en demandant aux candidats de compléter les informations fournies en application du 1° de l'article R. 313-4-3. Ils vérifient le caractère complet des projets et l'adéquation avec les besoins décrits par le cahier des charges. Ils établissent un compte rendu d'instruction motivé sur chacun des projets et peuvent en proposer le classement selon les critères prévus par l'avis d'appel à projet sur demande du président ou, conjointement, des coprésidents de la commission.

Les comptes rendus d'instruction sont rendus accessibles aux membres de la commission de sélection au plus tard quinze jours avant la réunion de la commission.

Les instructeurs sont entendus par la commission de sélection sur chacun des projets. Ils ne prennent pas part aux délibérations de la commission. Ils y assistent pour établir le procès-verbal.