Outre le rôle défini à l'article R. 121-1 du code de la sécurité sociale, le conseil d'administration des caisses départementales et pluridépartementales et le conseil central d'administration de la Mutualité sociale agricole ont pour mission notamment :

1° De tracer toutes directives générales concernant la gestion et le fonctionnement de l'organisme ;

2° De conclure des conventions collectives de travail et de déterminer les conditions générales de travail et de rémunération du personnel sous les réserves énoncées aux articles L. 123-1, L. 123-2, R. 123-48 à R. 123-53 du code de la sécurité sociale ;

3° De décider la création d'échelons locaux et de fixer les règles de fonctionnement de ces derniers ;

4° De nommer les praticiens-conseils, les médecins du travail sous les conditions particulières imposées pour chaque catégorie d'agent par des textes spécifiques ; de décider sous les mêmes conditions particulières des mesures disciplinaires ;

5° De déléguer aux agents de direction les pouvoirs nécessaires en vue d'assurer, dans le cadre des textes législatifs et réglementaires, le fonctionnement de l'organisme ;

6° De décider des opérations immobilières et des marchés ;

7° D'approuver, sauf vote contraire à la majorité des deux tiers des membres, les comptes annuels et les comptes combinés des régimes de protection sociale au vu de l'opinion émise par l'instance chargée de la certification.

Les décisions des unions, unions d'économie sociale, groupements d'intérêt économique et sociétés civiles immobilières mentionnées aux articles L. 723-7 et L. 723-13 ne peuvent avoir d'incidence sur la gestion administrative et financière des caisses de mutualité sociale agricole, qu'après approbation donnée par délibération des conseils d'administration des organismes.