Le commandement du service militaire adapté est placé pour emploi auprès du ministre chargé de l'outre-mer. Il est dirigé par un officier de l'armée de terre, dénommé commandant du service militaire adapté, qui donne les directives techniques, fixe les objectifs à atteindre et veille à leur exécution.

Le commandant du service militaire adapté relève du chef d'état-major des armées. Il tient informé chaque commandant supérieur dans les départements et collectivités d'outre-mer et en Nouvelle-Calédonie des décisions concernant le service militaire adapté dans sa zone de compétence.

Les effectifs du service militaire adapté sont inscrits au budget du ministre chargé de l'outre-mer. Les emplois sont pourvus par le ministre de la défense. Les dépenses relatives aux rémunérations et charges sociales sont à la charge du ministre chargé de l'outre-mer.

Un arrêté commun du ministre de la défense et du ministre chargé de l'outre-mer fixe les missions et l'organisation du service militaire adapté, ainsi que l'imputation budgétaire des dépenses autres que celles fixées à l'article D. 3222-21.