L'établissement est soumis au régime financier et comptable fixé par les dispositions des décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général de la comptabilité publique, qui sont applicables aux établissements publics nationaux à caractère administratif.
Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la défense et du ministre chargé du budget.

Le contrôle financier de l'établissement est exercé dans les conditions prévues par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.

Les ressources du SHOM comprennent notamment :
1° Les subventions de l'Etat, de l'Union européenne, des collectivités publiques et tout organisme public ou privé, français, étranger ou international ;
2° Le produit de la vente des cartes, ouvrages et documents nautiques édités par le SHOM ;
3° Le produit des prestations et travaux divers exécutés à titre onéreux par l'établissement ;
4° Le produit financier des résultats du placement des fonds ;
5° Les produits d'emprunt ;
6° Les ressources provenant d'accords que l'établissement conclut avec des organismes publics ou privés, nationaux, étrangers ou internationaux ;
7° Le produit des cessions de biens meubles ;
8° Le remboursement des frais de scolarité et de stage ;
9° Le produit de l'exploitation directe ou indirecte des droits de propriété intellectuelle ;
10° Les dons et legs ;
11° Les revenus procurés par les participations financières et les produits de leur cession ;
12° Les rémunérations et les participations liées aux programmes de recherche ;
13° Les participations diverses.
L'établissement est autorisé à placer ses fonds disponibles dans les conditions fixées par le ministre chargé du budget.

Les dépenses du SHOM comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement ;
3° Les frais d'investissement et d'équipement.

Le SHOM peut prendre des participations financières et créer des filiales en vue notamment de valoriser les résultats de recherches et de participer à des initiatives nationales et internationales destinées en particulier à améliorer la coordination des actions dans le domaine de l'environnement marin.