Les ressources du Centre national d'enseignement à distance comprennent :
1° Les subventions et les fonds de concours attribués notamment par l'Etat, les collectivités publiques et la Communauté européenne ;
2° Les droits, redevances et produits de toute nature résultant de ses activités ;
3° Les versements au titre de la taxe d'apprentissage ;
4° Les versements au titre de la participation des employeurs au financement de la formation professionnelle continue ;
5° Les produits des conventions ou contrats, notamment de travaux ou d'études ;
6° Les revenus des biens meubles et immeubles de l'établissement ;
7° Le produit des aliénations ;
8° Les contributions privées, les dons et legs ;
9° Les emprunts ;
10° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses du Centre national d'enseignement à distance comprennent les frais de personnel, de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires aux activités de l'établissement.

Le Centre national d'enseignement à distance met en place une comptabilité analytique qui distingue les activités commerciales des autres activités.

L'agent comptable du Centre national d'enseignement à distance est nommé, sur proposition du directeur général, par arrêté des ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et du budget.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées auprès de l'établissement dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Les fonds du Centre national d'enseignement à distance sont déposés chez un comptable du Trésor ou auprès de tout autre organisme habilité.
Toutefois, une fraction des fonds, définie en accord avec les ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et du budget, peut être placée librement après avis de l'agent comptable.

Conformément au décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, le Centre national d'enseignement à distance est soumis au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-54 du 27 janvier 2005 relatif au contrôle financier au sein des administrations de l'Etat. Les attributions du membre du corps du contrôle général économique et financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont précisées, en tant que de besoin, par arrêté des ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et du budget.