Les établissements publics de santé sont soumis au régime budgétaire, financier et comptable défini par les dispositions du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique et les dispositions suivantes.

L'exercice budgétaire et comptable couvre la période du 1er janvier au 31 décembre d'une même année, sauf dans le cas d'une première mise en exploitation d'un nouvel établissement ou d'une cessation définitive d'activité.

La nomenclature budgétaire et comptable est établie par référence au plan comptable général.

Elle comporte trois niveaux :

1° Les titres, qui constituent le niveau de présentation synthétique ;

2° Les chapitres, qui constituent le niveau de présentation détaillée ;

3° Les comptes d'exécution.

La liste des comptes obligatoirement ouverts dans l'état des prévisions de recettes et de dépenses et dans la comptabilité des établissements, ainsi que l'instruction budgétaire et comptable, sont fixées par arrêté conjoint des ministres chargés du budget, de la santé et de la sécurité sociale.

Dans le cas où les frais de séjour des malades ne sont pas susceptibles d'être pris en charge soit par les services de l'aide médicale, soit par un organisme d'assurance maladie, soit par le ministère des anciens combattants et victimes de guerre ou par tout autre organisme public, les intéressés ou, à défaut, leur famille ou un tiers responsable souscrivent un engagement d'acquitter les frais de toute nature afférents au régime choisi. Ils sont tenus, sauf dans les cas d'urgence, de verser au moment de leur entrée dans l'établissement une provision renouvelable calculée sur la base de la durée estimée du séjour. En cas de sortie avant l'expiration du délai prévu, la fraction dépassant le nombre de jours de présence est restituée.