Le régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et par le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique est applicable à l'agence.

L'agence est soumise au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté conjoint des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget.

Des agents comptables secondaires peuvent être nommés dans les mêmes conditions sur proposition du directeur général et sur avis conforme de l'agent comptable.