La caisse est soumise au contrôle de la Commission bancaire, qui s'exerce dans les conditions déterminées au chapitre III du titre Ier du livre VI du code monétaire et financier.

En application de l'article L. 511-32 du code monétaire et financier, la caisse est dotée d'un commissaire du Gouvernement, qui est nommé et exerce ses fonctions dans les conditions que déterminent les articles 15 et suivants du décret n° 84-709 du 24 juillet 1984 modifié pris en application de la loi n° 84-46 du 24 janvier 1984 relative à l'activité et au contrôle des établissements de crédit.

Le commissaire du Gouvernement veille notamment à ce que la caisse respecte les dispositions législatives et réglementaires qui la régissent et exerce son activité en conformité avec la mission d'intérêt public qui lui a été confiée. A cette fin, il peut saisir le conseil d'administration en cas de difficultés et lui adresser des recommandations.

Le commissaire du Gouvernement peut s'opposer à toute délibération ou décision engageant la caisse dans la mise en oeuvre de sa mission d'intérêt public et demander une seconde délibération. Il dispose à cet effet d'un délai de quinze jours. Sa demande doit être motivée. Si, après une seconde délibération, le désaccord subsiste, le commissaire du Gouvernement peut opposer un refus motivé à cette décision.

Il a accès aux séances du conseil d'administration, du comité des aides et du comité d'audit.

Le ou les commissaires aux comptes de la caisse sont désignés et exercent leur contrôle dans les conditions et pour la durée que déterminent les articles L. 511-38 et L. 511-39 du code monétaire et financier.