Un fonctionnaire, désigné par le ministre chargé des ports maritimes parmi les membres du conseil général des ponts et chaussées, en qualité de commissaire du Gouvernement auprès du port autonome, contrôle l'ensemble des opérations du conseil d'administration et vérifie le fonctionnement de tous les services.

Un contrôleur d'Etat, désigné par le ministre de l'économie et des finances, exerce le contrôle économique et financier du port autonome.

Tous deux sont convoqués aux séances du conseil d'administration et ont voix consultative.