Le port autonome peut être chargé, sur la demande du conseil d'administration, de la gestion de certains services publics connexes à ceux du port, tels que remorquage, éclairage, balisage, dispositifs d'aide à la navigation à l'intérieur des limites du port autonome ou pour ses accès, services sanitaires, de sauvetage ou d'incendie, police et surveillance des quais.

Des arrêtés conjoints du ministre chargé des ports maritimes et des ministres intéressés fixent les conditions de la remise de ces services au port autonome ainsi que les règles de leur fonctionnement.

Le ministre chargé des ports maritimes peut, après avis du conseil d'administration, confier par arrêté au port autonome, au titre de services annexes, la gestion d'un service maritime ou d'un service de navigation dont il définit la consistance.

Pour cette gestion, le directeur relève directement de l'autorité du ministre chargé des ports maritimes et le personnel du port autonome agit pour le compte de l'Etat.

Dans le respect de la législation en vigueur, un port autonome peut créer des filiales ou prendre des participations dans des organismes, sociétés ou groupements qui, eu égard à leur objet complémentaire ou connexe à ses missions, sont de nature à concourir à son développement.

Les créations de filiales, les prises, cessions ou extensions de participations financières décidées par le conseil d'administration du port autonome sont soumises à l'approbation préalable conjointe du ministre chargé des ports maritimes, du ministre chargé de l'économie et des finances et du ministre chargé du budget, dans les conditions fixées par les articles R. 114-1 et R. 114-5.

Le directeur du port autonome établit, pour des périodes successives de trois années, le cas échéant en concertation avec d'autres ports de la même façade maritime, un plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison permettant de répondre aux besoins des navires utilisant le port.

Un arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé de l'environnement définit le contenu et les modalités d'élaboration de ces plans, qui comportent notamment le recensement des besoins et des installations utilisables, les procédures de réception et le système de tarification.

Le plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison est approuvé, après avis du conseil d'administration du port autonome, par le préfet du département où se situent les installations principales du port. En cas de modification significative des conditions d'exploitation du port ayant des répercussions sur les besoins en installations portuaires de réception des déchets d'exploitation et des résidus de cargaison, le plan est mis à jour et approuvé dans les mêmes conditions que le plan initial.