Le décret en Conseil d'Etat créant un port autonome est pris à l'initiative du ministre chargé des ports maritimes après avis du ministre de l'économie et des finances, du ministre de l'intérieur, du ministre chargé de l'industrie et du ministre chargé de la marine marchande.

Le port reçoit la dénomination du port principal englobé dans l'établissement public. Toutefois, si cet établissement englobe plusieurs ports importants, sa dénomination peut comporter l'énumération de ces ports.

Pour les ports autonomes substitués à des ports non autonomes, le décret fixe la date de mise en vigueur du nouveau régime.