Le conseil d'administration de l'agence met à la disposition de chaque conseil de gestion les moyens financiers nécessaires à la mise en oeuvre du programme d'actions du parc naturel marin. Ces moyens sont individualisés dans la comptabilité de l'agence.

Les sommes allouées par l'agence à un conseil de gestion peuvent être abondées par toute collectivité territoriale, organisme ou personne souhaitant soutenir l'action d'un parc naturel marin.