L'agence est soumise au régime financier et comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif.

Elle est soumise au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la protection de la nature et du ministre chargé du budget.

Les ressources de l'agence prévues par le II de l'article L. 334-2 sont notamment constituées par :

1° Les subventions de l'Etat, des collectivités publiques ou d'organismes publics ou privés et les recettes du mécénat ;

2° Les produits des contrats et conventions ;

3° Le produit de la vente de publications et documents sur quelque support que ce soit ;

4° Le produit des cessions et participations ;

5° Les revenus des biens meubles et immeubles ;

6° Les dons et legs ;

7° Le produit financier du résultat des placements de ses fonds ;

8° Le produit des aliénations ;

9° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'établissement comprennent les frais de personnel qui ne sont pas pris en charge par l'Etat ou les collectivités territoriales, les frais de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

Il peut être constitué au sein de l'agence des régies de recettes et des régies de dépenses dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.