L'Agence des aires marines protégées est placée sous la tutelle du ministre chargé de la protection de la nature.

Entrent dans le champ de compétence de l'agence, outre les catégories d'aires marines protégées énumérées au III de l'article L. 334-1, les catégories d'espaces marins dont la protection, la restauration et la gestion durable requièrent des mesures réglementaires ou contractuelles ou un programme d'actions, lorsqu'elles ont fait l'objet d'une décision du ministre de tutelle, prise après avis du conseil d'administration de l'agence et du conseil national de la protection de la nature.

Le siège de l'établissement est situé à Brest.