Le directeur est chargé de l'administration courante et de l'exécution des décisions du conseil d'administration. Il dirige les services. Il représente l'établissement dans tous les actes de la vie civile et en justice. Il exerce les pouvoirs de police confiés à l'établissement.

Le directeur de l'établissement, qui peut être un fonctionnaire éventuellement placé en position de détachement, est nommé par arrêté du ministre chargé de la protection de la nature après avis du conseil d'administration.