Les ressources du conservatoire comprennent notamment :

1° Une dotation annuelle de l'Etat ;

2° Les subventions, avances, fonds de concours ou participations qui lui seront apportés par l'Etat, les collectivités territoriales et leurs groupements, les établissements publics et les sociétés nationales ainsi que par toutes les personnes morales ou physiques ;

3° Le produit des emprunts ou souscriptions autorisés ;

4° Les subventions qu'il pourra obtenir au lieu et place des collectivités territoriales et de leurs groupements, des établissements publics et sociétés, en exécution de conventions passées avec eux ;

5° Les revenus nets de ses biens meubles et immeubles ;

6° Le produit de la vente de ses biens meubles et immeubles ;

7° Les dons et legs ;

8° Le produit de la taxe sur les passagers maritimes prévue à l'article 285 quater du code des douanes.

Le conservatoire est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif, les articles 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique, ainsi que par l'article 60 de la loi n° 63-156 du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la protection de la nature.

Le conservatoire est soumis au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de l'économie et des finances et du ministre chargé de la protection de la nature.

Le membre du corps du contrôle général économique et financier assiste aux délibérations du conseil d'administration avec voix consultative.

Les régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.