Les ressources de l'établissement comprennent notamment :

1° Une dotation annuelle de l'Etat.

2° Les subventions, avances, fonds de concours ou participations qui lui seront apportées par l'Etat, les collectivités territoriales et leurs groupements, les établissements publics et les sociétés nationales ainsi que par toutes les personnes morales ou physiques.

3° Le produit des emprunts ou souscriptions autorisés.

4° Les subventions qu'il pourra obtenir au lieu et place des collectivités territoriales et de leurs groupements, des établissements publics et sociétés, en exécution de conventions passées avec eux.

5° Les revenus nets de ses biens meubles et immeubles.

6° Le produit de la vente de ses biens meubles et immeubles.

7° Les dons et legs.

8° Le produit de la taxe sur les passagers maritimes prévue à l'article 285 quater du code des douanes.

Le conservatoire est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953, les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962, ainsi que par l'article 60 de la loi du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la protection de la nature.

Le conservatoire est soumis au contrôle financier institué par le décret du 25 octobre 1935. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de l'économie et des finances et du ministre chargé de la protection de la nature.

Le contrôleur financier assiste aux délibérations du conseil d'administration avec voix consultative.

Les régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.