L'Agence nationale pour l'amélioration de l'habitat peut prononcer des sanctions à l'encontre des bénéficiaires des aides ou de leurs mandataires, ayant contrevenu aux règles ou aux conventions conclues. Elle peut, pour une durée maximale de cinq ans, refuser une nouvelle demande d'aide émanant du même bénéficiaire. Elle peut également prononcer des sanctions pécuniaires dont le montant, fixé compte tenu de la gravité des faits reprochés et de la situation financière de la personne ou de l'organisme intéressés, ne peut excéder la moitié du montant de l'aide accordée. Les personnes ou les organismes concernés sont mis en mesure de présenter leurs observations préalablement au prononcé des sanctions.
Les modalités de gestion et de fonctionnement de l'Agence nationale pour l'amélioration de l'habitat, notamment l'utilisation de ses ressources, sont déterminées par un décret en conseil d'Etat.