Les opérations financières et comptables sont effectuées conformément aux dispositions des décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 modifié relatif à la réglementation comptable applicable aux établissement publics nationaux à caractère administratif et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé, de l'agriculture, de la consommation et du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

L'établissement est soumis au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 organisant le contrôle financier des offices et des établissements autonomes de l'Etat. Les modalités d'exercice du contrôle sont fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé, de l'agriculture, de la consommation et du budget.

Au sein de l'agence des services peuvent être dotés de comptabilités distinctes, notamment l'Agence nationale du médicament vétérinaire.

Les recettes de l'établissement comprennent :

- les subventions de l'Etat, des collectivités territoriales et d'autres organismes publics ;

- les subventions des organismes internationaux et de la Communauté européenne ;

- le produit des droits progressifs perçus en application de l'article L. 617-5 ;

- les fonds de contrat sur programme ;

- les produits de redevances et contributions, notamment les produits de la propriété intellectuelle ;

- la rémunération des services rendus et toutes ressources qu'il tire de son activité ;

- le produit des publications et actions de formation ;

- le produit de l'aliénation des biens, meubles et immeubles ;

- les produits financiers, le remboursement des prêts et avances ;

- les emprunts ;

- le produit des dons et legs ;

- toutes autres recettes autorisées par les lois et règlements.

Les membres des comités d'experts spécialisés prévus à l'article R. 794-23, les membres du Conseil scientifique prévu à l'article R. 794-19 issus du collège des personnalités scientifiques qualifiées et les membres des comités placés auprès de l'Agence nationale du médicament vétérinaire perçoivent des vacations en rémunération des travaux, rapports et études qu'ils réalisent pour l'Agence. Le nombre maximal de ces vacations ainsi que leur taux sont fixés par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé, de l'agriculture et de la consommation et du budget. Le directeur général de l'Agence arrête le nombre des vacations effectuées par chaque membre.