Les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'agence est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 organisant le contrôle financier des offices et des établissements publics autonomes de l'Etat.

Les modalités d'exercice de ce contrôle sont fixées en tant que de besoin par arrêté du ministre chargé du budget.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé et du budget.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général de l'agence après visa de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

En application du 3° de l'article L. 567-7, les services rendus par l'Agence du médicament à la demande de tiers donnent lieu à la perception de redevances en ce qui concerne :

a) Le contrôle et la fourniture de substances de référence de la Pharmacopée française ;

b) Les expertises concernant les produits cosmétiques ;

c) Les analyses et le contrôle des eaux ;

d) Les expertises concernant les produits et procédés désinfectants ;

e) La délivrance annuelle des annales de qualité des laboratoires d'analyse de biologie médicale ;

f) La délivrance des attestations de qualité destinées aux exportateurs de médicaments ;

g) Le contrôle en vue de la libération des lots de produits immunologiques, vaccins et allergènes.

Un arrêté conjoint du ministre chargé de la santé et du ministre chargé du budget fixe les tarifs des redevances mentionnées à l'article R. 5089-24-1.

Des prestations autres que celles visées à l'article R. 5089-24-1 peuvent donner lieu à la perception de recettes au titre des produits divers mentionnés au 4° de l'article L. 567-7.