Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'agence soit sur proposition de son président, de ses membres, ou du directeur, soit sur l'initiative du ministre chargé de la sécurité sociale ou du ministre chargé du budget . Le conseil d'administration établit le règlement intérieur de l'agence.

Il prend les décisions nécessaires à l'application de l'article L. 225-1 et des textes pris pour son exécution.

Il délibère sur les matières pour lesquelles son intervention est expressément prévue aux termes des décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 et, notamment, sur le budget et les comptes annuels de l'agence. Il délibère également sur le rapport annuel du directeur relatif au fonctionnement administratif et financier.

Le conseil d'administration peut désigner en son sein des commissions et leur déléguer une partie de ses attributions.