La direction de l'office est confiée à un directeur nommé par décret sur proposition des ministres chargés de l'agriculture, de l'économie, du budget et de l'outre-mer.

Le directeur assure le fonctionnement de l'office. A cet effet, il passe avec l'Agence unique de paiement et les offices par produits des conventions pour la mise à la disposition de l'office de personnels et de moyens.

Le directeur prépare les réunions du conseil de direction et des comités techniques. Il applique les décisions et rend compte de leur exécution.

Le directeur représente l'office en justice et dans tous les actes de la vie civile pour l'exécution des missions de l'office ; il est habilité à signer les conventions prévues au I de l'article R. 684-2 et celle mentionnée au deuxième alinéa du présent article.

Il est ordonnateur des recettes et dépenses de l'office.

Le directeur peut déléguer sa signature à des agents de l'office.