Le centre est soumis au contrôle économique et financier défini par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955. Un contrôleur d'Etat placé sous l'autorité du ministre chargé du budget assure le contrôle de l'établissement.

Un commissaire du Gouvernement, nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la formation professionnelle et de l'emploi, est placé auprès de l'établissement. Il est suppléé en cas d'empêchement par un commissaire suppléant désigné selon les mêmes modalités.

Le commissaire du Gouvernement reçoit les convocations, ordres du jour, procès-verbaux et tous autres documents adressés aux membres du conseil.

Il peut se faire communiquer toutes pièces, documents ou archives, et procéder ou faire procéder à toutes vérifications.

Il dispose d'un droit de veto à l'égard des délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées au 13°. Il exerce ce droit dans les dix jours qui suivent soit la réunion, s'il y a assisté ou y était représenté, soit la réception du procès-verbal de la séance. Le veto du commissaire du Gouvernement a un caractère suspensif et a effet jusqu'à ce que les ministres de tutelle se soient prononcés. A défaut de décision expresse des ministres dans un délai de vingt jours, la décision devient exécutoire.